Cemilpaşazade ailesine adını veren Ahmet Cemil Paşa’nın oğullarından Kasım Bey ve Çerkez asıllı Hayriye Hanım’ın oğlu olan Ekrem Cemilpaşa, 1891’de Diyarbekir’de doğdu. Diyarbekir’deki Cemilpaşa Konağı’nda üç yıl özel eğitmenler tarafından öğrenim gördü. 1901’de başladığı Askerî Rüşdiye Okulu’nu, yedi yıllık sıkı disiplinli bir eğitimin ardından 1908’de tamamladı. Aynı yıl gittiği İstanbul’da 1912’de Sultanî Lisesi’ni bitirdi. Osmanlı coğrafyasındaki ilk legal Kürt öğrenci derneği olan Kürt Talebe-Hêvî Cemiyeti’nin ilk üyelerinden biri oldu. 1913’te öğrenim görmek için gittiği İsviçre’nin Lozan kentinde Hêvî Cemiyeti’nin şubesini kurdu ve bu şubenin başkanlığını üstlendi. Birinci Dünya Savaşı’nın başlaması üzerine Cemilpaşazade fertleri ve diğer arkadaşlarla birlikte yurda dönerek birçok cephede savaştı. Çanakkale cephesinden sonra gittiği Kafkas cephesinde yaralandı. Diyarbekir’de Mustafa Kemal Paşa’nın şifre zabitliği ve Nihat Paşa’nın karargâh kumandan yardımcılığı görevlerinde bulundu.

1918’de Diyarbekir’de kurulan Kürt Teâli Cemiyeti’nin kuruluşunda yer aldı ve başkanlığını yaptı. 1919’da İstanbul’da İstanbul Üniversitesi’nde okuyan öğrenciler tarafından yeniden kurulan Hêvî Cemiyeti’nin fahrî başkanı oldu. 1919’da İngiliz Binbaşı Noel ve Bedirxan kardeşlerle birlikte Kürdistan’da yaşayan Kürt ve Ermeni nüfusunun miktarını tespit etmek amacıyla değişik yerleri dolaşırken, Mustafa Kemal Paşa’nın kendilerini yakalatmak için üzerlerine gönderdiği kuvvetlerle Malatya’da silahlı çatışmaya girdi. 1920’de kurulan ve bağımsız Kürdistan’ın inşasını amaçlayan Kürt Teşkilat-ı İçtimaiye Cemiyeti’nin kurucularından oldu. 1921’de Hevêrkan aşiretinin eline esir düştükten sonra Ankara İstiklal Mahkemesi’nde yargılandı ve beraat ettiği 1922 yılı kış mevsimine kadar tutuklu kaldı. 1925 Kürt Ayaklanması ile ilgili görülüp Diyarbekir İstiklal Mahkemesi tarafından on yıl hapis cezasına çarptırıldı. 1928’e kadar üç yıl Kastamonu Hapishanesi’nde kaldıktan sonra tahliye edildiyse de 6 ay daha Kastamonu’da sürgünde kaldı.

Diyarbekir’e döndükten sonra Mart 1929’da Suriye’ye geçerek amcazadesi Kadri Cemilpaşa ile birlikte Xoybûn Cemiyeti’nin merkez yönetim kuruluna seçildi. Xoybûn’un Ağrı İsyanı’na destek vermek amacıyla Suriye Kürdistanı’ndan Türkiye Kürdistanı’na yapacağı askerî taarruz harekâtında bölge komutanlığı görevini üstlendiyse de bu harekât yapılamadı. 1931’de Şam’da Celadet Alî Bedirxan’ın önderliğinde bir grup arkadaşıyla birlikte Latin harfleriyle yazılan Kürt alfabesinin oluşturulmasına katkı sağladı. 1933’te Türkiye Cumhuriyeti vatandaşlığından çıkarıldı. 1939-1946 yılları arasında Xoybûn’un siyasi temsilcisi sıfatıyla Kürtlerin milli haklarına kavuşmaları yönünde uluslararası girişimlerde bulundu. 1962’de Güney Kürdistan’da Amerikalı gazeteci Dana Adams Schmidt’e tercümanlık ve rehberlik yaptı. Suriye’nin değişik yerlerinde on üç yıl boyunca köylü çocuklara Kürtçe eğitim verdi. 1974’te Şam’da hayatını kaybeden Ekrem Cemilpaşa, Rukneddin Mezarlığı’na (Heyyu’l-Ekrad) defnedildi. Çeşitli gazete ve dergilerde makale ve şiirleri yayımlanan Ekrem Cemilpaşa, Hînkerê Zimanê Kurdî, Rehberê Ziman ê Her Du Kurdî: Kurmancî, Babanî (Kürtçe Öğrenmek İsteyenlere Lisan Rehberidir: Kurmancî, Babanî), Dîroka Kurdistan bi Kurtebirî (Kürdistan Kısa Tarihi) ve Muhtasar Hayatım adlı eserleri kaleme almıştır.